Par ailleurs,
un GEIE, le Groupement d'Exploitation du Fréjus (GEIE-GEF), constitué officiellement le 1er mai 2007, a reçu des sociétés concessionnaires le mandat de l’exploitation, de l’entretien et la conservation du tunnel, à l’exclusion des travaux neufs, du renouvellement du gros matériel et des installations, des dépenses d’entretien extraordinaires et de la perception des péages, domaines qui restent du ressort des sociétés concessionnaires.Le GEIE-GEF est doté d’une seule organisation autonome à laquelle sont intégrés les services français et italien chargés de la sécurité, de la conduite et de la maintenance des installations du tunnel, soit près de 185 agents.
D'autre part, à la fin de 2002, une
Commission Consultative Mixte pour les Marchés (CCMM) a été créée pour fournir un avis sur les marchés concernant le tunnel, au-delà d'un certain seuil. Ce dispositif a été complété, pour la construction de la galerie de sécurité, par un
Comité Commun de Construction (CCC) qui assurera la coordination des sociétés pour la maîtrise d'ouvrage.
Outre l’exploitation du tunnel Alpin du Fréjus, la
SITAF est concessionnaire de l’Autoroute A32 jusqu’à Rivoli (banlieue de Turin), soit 72,4km. La SITAF emploie actuellement 216 salariés dont 106 affectés au tunnel et 110 pour l’autoroute A32.